No Estudo de Impacte Ambiental foram estudados e analisados em detalhe todos os aspetos relativos à flora e fauna, quer quanto à situação existente antes da construção do aproveitamento, quer quanto às medidas de minimização e de compensação a propor, exatamente em função das especificidades da flora e fauna de cada local e do seu valor conservacionista, que foram identificados no estudo da situação de referência.
No campo ambiental esteve em curso a implementação de um conjunto de medidas de proteção destacando-se entre várias:
- Restauração e recuperação de habitats;
- Proteção de galeria ripícola;
- Criação de áreas de proteção para alimentação e nidificação de aves;
- Criação de reservas ecológicas para a flora;
- Desmatação das zonas a inundar;
- Replantação de sobreiros e azinheiras em número cinco vezes superior ao número de espécies abatidas no local de obra e na área da futura albufeira, e numa área 25% superior à da plantação afetada;
- Renaturalização das áreas de estaleiro e implantação de acessos temporários;
- Sistema de transposição de peixes para favorecer a diversidade genética;
- Implementação de medidas para o cruzamento da albufeira pela fauna terrestre;
- Criação de zonas de habitat e reprodução de morcegos.
Dos estudos realizados destaca-se que a qualidade da água será maioritariamente Mesotrófica (à semelhança da albufeira da Caniçada, por exemplo), podendo ocorrer eventuais situações de agravamento em longos períodos hidrologicamente desfavoráveis (secos). Estas eventuais ocorrências são, no entanto, minimizadas pelos ciclos de turbinamento-bombagem, que promovem a agitação e oxigenação das águas mais próximas da barragem.
Salienta-se que há utilizações da água da albufeira que são prioritárias relativamente à produção de energia e que têm de ser aprovadas pelas autoridades oficiais competentes, estas outras utilizações não prioritárias deverão estar previstas no Plano de Ordenamento da Albufeira.
Em termos de afetação da vinha e olival salienta-se que a EDP encomendou um estudo à Universidade de Trás os Montes e Alto Douro (UTAD) precisamente para avaliar os potenciais impactes da criação da albufeira de Foz Tua na cultura da vinha e do olival. Esse estudo conclui que os impactes expectáveis da nova albufeira ao nível da precipitação e da temperatura, a verificarem-se, deverão ser reduzidos.
Poder-se-á verificar um ligeiro aumento da humidade nas zonas mais próximas da superfície e deverá também diminuir a ocorrência de fenómenos como geada e picos de calor. Enquanto se prevê que a presença da albufeira possa ter influência positiva na maturação da Vinha, deverá ser dada atenção à prevenção de doenças como Míldio e Oído.
No que respeita à cultura do olival, é de prever que a qualidade do azeite produzido no vale sofra uma ligeira melhoria e que o ligeiro aumento de fenómenos de nevoeiro possa dificultar a colheita nas zonas mais próximas da superfície da albufeira.
Tal como recomendado no estudo, foi implementado também um programa de monitorização do Clima, que inclui a instalação de 3 estações de monitorização climática e 9 sensores ambientais a colocar a diferentes cotas na envolvente da albufeira, permitindo assim o seguimento dos principais parâmetros climáticos.